Lục Tổ Huệ Năng nói rằng mọi chúng sinh từ ngu dốt đến thông minh đều có sẵn Phật Tính, bởi do có phiền não nên mới thành chúng sinh, chỉ cần ngộ thì lập tức Thành Phật, Sư nói:" Trí Bát Nhã (Phật Tính), người đời vốn tự có, Chỉ bởi tâm mê, không thể tự thấy, nên phải nhờ bậc đại thiện tri thức chỉ ra mới thấy được tính. Nên biết người ngu kẻ trí đều sẵn có tính Phật, chẳng khác chi nhau. Chỉ bởi mê ngộ chẳng đồng, nên mới có người ngu kẻ trí" (trích Pháp Bảo Đàn Kinh, Đoàn Trung Còn dịch). Tư tưởng này vốn đã được nhắc đến nhiều trong các kinh điển Đại Thừa về đề tài Phật Tính và trong bài kệ về Tông chỉ Thiền Tông của Sơ Tổ Bồ Đề Đạt Ma.

Lục Tổ Huệ Năng chủ trương đốn ngộ, tức là cái ngộ ngay tức khắc, trực nhận bản thể Phật Tính, thanh tịnh, tuyệt đối ngay chính mình, không phải do đọc hiểu văn tự, ghi nhớ, hiểu biết mà được, và cũng không cần phải trải qua nhiều cấp bậc tu chứng như trong các Kinh Điển Đại Thừa(thập tín, thập nguyện, thập hạnh, thập trụ, thập hồi hướng..) hay Nam Tông(4 cấp bậc A-la-hán), và đối với thuyết này, Lục Tổ là nhân vật ví dụ điển hình, sư tuy không biết chữ nghĩa, cũng không được tiếp cận với Kinh điển nhiều, nhưng lại có cái ngộ siêu việt. Từ học thuyết này hình thành nên Thiền Nam Tông để đối lập với Tư Tưởng của Đại sư Thần Tú và các môn đệ của ông, cho rằng người tu hành phải Tiệm Tu, trải qua nhiều cấp bậc tu chứng, phá ngã chấp, diệt trừ phiền não, thiền định trong nhiều kiếp tu hành thì mới thành Phật được, tư tưởng này tạo nên Thiền Bắc Tông.

Các môn đệ của Thần Tú phía Thiền Bắc Tông thường chê Lục Tổ rằng: "Chẳng biết một chữ, có chi là giỏi".(trích Pháp Bảo Đàn Kinh, Đoàn Trung Còn dịch). Tuy nhiên đại sư Thần Tú có cái nhìn ôn hòa hơn các đệ tử của mình vốn mang tư tưởng cố chấp, tiêu cực. Sư Thần Tú nói rằng: "Vị ấy(tức Lục Tổ) được trí vô sư, ngộ sâu pháp Thượng Thừa, ta chẳng bằng được". Và sư Thần Tú cũng công nhận Lục Tổ là người được Ngũ Tổ Hoằng Nhẫn được truyền tâm ấn và y bát kế tiếp Tổ vị,sư cũng khuyên các môn đệ của mình nên đến yết kiến Lục Tổ. Trong số các môn đệ của Thần Tú, có các vị như: Chí Thành, Hành Xương từng đến tu học với Lục Tổ và được truyền tâm ấn.

Về Thiền Định và Trí Huệ, Lục Tổ cho hai thứ này vốn là một, không có phân biệt. Sư nói: " Thiện tri thức, pháp môn này lấy Định- Huệ làm gốc. Các ngươi chớ lầm rằng Định với Huệ có khác; Định Huệ vốn nhất thể, chẳng phải là hai. Định là thể của Huệ, Huệ là dụng của Định, ngay trong lúc huệ có định, ngay trong lúc định có huệ, thấu được nghiã này tức là định huệ đồng nhau. Các ngươi học đạo chớ cho là trước phát định sau phát huệ, hay trước huệ sau định có khác, kiến giải như vậy thành ra pháp có nhị tướng. Miệng tuy nói lành mà trong tâm chẳng lành, tuy có định huệ mà định huệ chẳng đồng nhau. Nếu tâm miệng đều lành, trong ngoài nhất thể, tức là định huệ đồng nhau" (Trích Kinh Pháp Bảo Đàn, HT Thích Duy Lực dịch)

Về vấn đề Tọa Thiền(ngồi thiền), Lục Tổ cho rằng đối với cảnh giới bên ngoài: tâm niệm chẳng khởi lên gọi là Tọa(ngồi),đối với bên trong thấy tự tánh mình chẳng động gọi là Thiền. Còn Thiền Định, Lục Tổ nói rằng bên ngoài lìa tất cả các tướng (hình tướng) gọi là Thiền, bên trong tâm chẳng loạn (động) gọi là Định.

Trong số môn đệ của Thần Tú, có ba người được phong Quốc sư, trong đó sư Phổ Tịch là danh giá nhất, từng làm quốc sư cho ba đời vua, pháp môn tiệm tu của Thiền Bắc Tông phát triển, Phổ Tịch tự tôn Thần Tú làm Lục Tổ Thiền Tông và tự xưng là Thất Tổ, và dùng danh tiếng, mối quan hệ với triều đình để lấy sự ủng hộ. Thiền sư Hà Trạch Thần Hội là người đã đính chính lại vấn đề này, chỉ trích phía Thần Tú không phải Thiền chính thống của Tổ sư Đạt Ma. Ngày 15 tháng Giêng năm thứ 20 niên hiệu Khai Nguyên, Thiền sư Thần hội ở Hoạt Đài (hiện là Hoạt Huyện tỉnh Hà Nam), Chùa Đại Vân lập đại hội vô giá, xác định pháp thống Thiền Tông do Tổ Đạt Ma truyền. Năm thứ 8 niên hiệu Thiên Hữu, một lần nữa xác định Tông chỉ Nam Tông tại Lạc Dương, từ đó Thiền của Lục Tổ được chính thức công nhận là Thiền chính tông.

Dưới Lục Tổ có 33 môn đệ đắc pháp, trong đó nổi bật nhất là 5 vị làm cho Thiền Tông đời sau được hưng thịnh và ảnh hưởng lớn trong Phật Giáo Trung Quốc:

1. Thiền sư Nam Nhạc Hoài Nhượng, từ pháp mạch này sinh ra Tông Lâm Tế, Quy Ngưỡng.
2. Thiền sư Thanh Nguyên Hành Tư, từ pháp mạch này sinh ra Tông Tào Động, Vân Môn, Pháp Nhãn.
3. Thiền sư Vĩnh Gia Huyền Giác, tác giả của Chứng Đạo Ca và quyển Thiền Tông Vĩnh Gia Tập nổi tiếng
4. Thiền sư Nam Dương Tuệ Trung, từng làm Quốc Sư.
5. Thiền sư Hà Trạch Thần Hội, người định tông chỉ, đưa Thiền Nam Tông trở thành chính thống.

Đặc biệt, từ hai vị Nam Nhạc Hoài Nhượng và Thanh Nguyên Hành Tư, Thiền Tông sản sinh vô số các Thiền sư danh tiếng truyền bá tư tưởng Đốn Ngộ, Thiền Tông trở thành Pháp môn phổ biến, thịnh hành nhất vào các thời Đường, Tống. Được truyền qua nhiều nước như Việt nam, Nhật Bản, Hàn Quốc. Đên thời Minh, Thanh, Thiền bắt đầu suy yếu và nhường chổ cho Tịnh Độ Tông. Ngày nay, tuy Thiền Tông đã phần nhiều phai nhạt và không còn ảnh hưởng mấy nữa, nhưng nó vẫn là một đề tài cuốn hút đối với các tăng, ni và cư sĩ, phật tử.